医院高度重视与国外高水平医疗机构进行学术交流乃至合作， 2004年6月我院与法国尼斯大学附属医院医疗代表团签署了合作意向书，法国尼斯大学附属医院是一家大型综合教学 医院，在病理学、生物化学、基因学、免疫学、细菌及药物学等方面的研究处于国际先进水平，特别是其传染病科住院及随访艾滋病人达2500多例，在艾滋病住院及门诊病人随访信息化科学管理、抗病毒治疗、耐药性检测及研究、免疫学等方面水平较高。
    双方认为在新发传染病、病毒性肝炎的实验室研究、艾滋病的机会性感染病原体诊断新技术、基因分型及耐药性基因检测等方面有广泛的合作空间，并达成了今后合作的意向，签署了合作意向书。双方通过互派访问学者、定期举办学术交流会、开展科研合作、网上交流举办医学专题论坛等形式进行交流与合作。相信通过合作必将提高我院病毒性肝炎和艾滋病两个广州市重点专科的水平。

2005年通过派人去美国Harvard大学与Rochester大学进修学习，将建立新的合作平台，必将促进我院专科建设的发展与科研水平的提高。

另外，我院曾与联合国、美国、日本等的多家医疗机构进行过互访；我院还长期与香港及内地多家医学院校、研究所及医院进行学术交流与技术合作。